Filtry mikroskopowe są używane do obserwacji wzrokowych i rejestrowania obrazu przy użyciu kamery cyfrowej. Poprawiają one balans kolorów obrazu, zwiększają kontrast i jasność oraz wygładzają zniekształcenia optyczne. W zależności od koloru, filtr blokuje określoną długość fali światła, jednocześnie przepuszczając inne długości fali.
Filtr światła niebieskiego odcina czerwone spektrum, nadaje obrazowi chłodny odcień, sprawia, że ciepłe oświetlenie z halogenowego źródła oświetlenia staje się naturalne oraz zwiększa czystość obrazu podczas korzystania z kontrastu fazowego. Filtr zielony służy do poprawy wyrazistości obrazu podczas używania obiektywów kontrastu fazowego. Filtr żółty zwiększa kontrast preparatów o niskim kontraście oraz uwydatnia zarysy ich struktur. Filtr matowy służy do uzyskania rozproszonego oświetlenia. Jest to szczególnie przydatne w przypadku obiektywów o małym powiększeniu.
Wszystkie filtry są przeznaczone do obserwacji w świetle przechodzącym.